Nuestra presencia franciscana en Colombia como franciscanos data desde el año de 1510, cuando un grupo de frailes se establece en Santa María la Antigua del Darién, donde levantarán un pequeño convento, en la primera población que fundan los españoles en el continente americano. Pero esta presencia, debido a múltiples circunstancias, desaparece del territorio hacia 1524, trasladándose a Panamá. Más adelante, en el año de 1548 se prepara una nueva expedición de franciscanos que habían de venir al Nuevo Reino de Granada, donde se comenzarían a dar los primeros pasos de lo que más adelante se llamará Provincia Franciscana de la Santa Fe.
Antes de llamarse Provincia Franciscana de la Santa Fe, hacia el año de 1565, nuestra entidad recibió el nombre de Custodia de San Juan Bautista, nombre dado por el puñado de frailes españoles que llegaron a nuestras costas de Santa Marta y Cartagena, y que, luego de una travesía fatigosa por el río Magdalena, se establecen en Santafé de Bogotá, la capital del Nuevo Reino de Granada. Se cree que el nombre de la custodia fue dado por la proximidad a la fiesta del natalicio de San Juan el Bautista. Rápidamente los frailes franciscanos se fueron insertando en la realidad del pueblo del Nuevo Reino de Granada, sometiéndose a difíciles momentos que brotaban de muchas injusticias que se cometían contra los indígenas por parte de los encomenderos. Cabe tener presente, que la Provincia de la Santa Fe, desde sus inicios ha trabajado incansablemente por no estar al margen de las situaciones políticas, sociales y culturales. Por lo tanto, nos es de extrañar, que los frailes franciscanos acompañaran procesos como fueron: las Doctrinas, misiones, colegios de propaganda fide, espiritualidad y piedad popular, asistencia social, bellas artes y literatura. Acompañó así mismo, la causa patriota y por ende los esfuerzos de independencia de nuestra nación, claro está, que le acarrearía más adelante, bastantes dificultades de tipo interno.
Hoy en día, nuestra Provincia cuenta, gracias a uno de sus insignes hijos, el Padre Fray Luis Carlos Mantilla R, Doctor en Historia de la Iglesia por la Universidad Gregoriana de Roma y miembro de la Academia Colombiana de Historia, con un completo compendio de la historia de la presencia franciscana en Colombia desde sus orígenes hasta nuestros días, en la obra que se titula: “Los franciscanos en Colombia”.